ศูนย์วิทยาศาสตร์เพื่อการศึกษาอุบลราชธานี จัดตั้งขึ้นตามมติคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 16 สิงหาคม 2537 ที่เห็นชอบให้จัดตั้งศูนย์วิทยาศาสตร์เพื่อการศึกษาจังหวัดในทุกเขตการศึกษา เขตการศึกษาละ 1 แห่ง ตามที่กระทรวงศึกษาธิการเสนอ กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศจัดตั้งศูนย์วิทยาศาสตร์เพื่อการศึกษาอุบลราชธานี เป็นสถานศึกษาสังกัดกรมการศึกษานอกโรงเรียน เมื่อวันที่ 27 มิถุนายน 2540 กรมการศึกษานอกโรงเรียนโดย ดร.รุ่ง แก้วแดง อธิบดีกรมการศึกษานอกโรงเรียน และได้อนุมัติการก่อสร้าง ศูนย์วิทยาศาสตร์เพื่อการศึกษาจังหวัดอุบลราชธานี โดยการประสานงาน และการนำเสนอข้อมูลประกอบการพิจารณาของนายสงัด สันตะพันธุ์ ผู้อำนวยการศูนย์การศึกษานอกโรงเรียนภาคตะวันออกเฉียงเหนือ (ศนอ.) ให้ใช้พื้นที่ในการก่อสร้างในเนื้อที่ 23 ไร่ 2 งาน ด้านทิศตะวันออกของ ศนอ. ติดกับถนนชยางกูร อำเภอเมือง จังหวัดอุบลราชธานีเมื่อวันที่ 24 พฤษภาคม 2539 โดยได้จัดให้มีพิธีวางศิลาฤกษ์การก่อสร้างอาคาร ในวันที่ 28 กันยายน 2539 และได้จัดให้มีพิธีเปิด การให้บริการอย่างเป็นทางการ โดยมีนายชุมพล ศิลปอาชา รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ เป็นประธานในพิธีเปิด ในวันที่ 30 มกราคม 2541